Ehrendingen hat vier Arten Naturschutzzonen im Wald: Lichter Offenwald, gestufter Waldrand, Eichenwaldreservat, Altholzinseln. Die Gebiete finden sich vorab am Lägernhang.
Magerweisen, Trockenstandorte
Ebenfalls am Lägernhang sind viele Magerweisen und Trockenstandorte, teils von nationaler Bedeutung.
Tümpel, geschützte Tierarten
Im Gebiet Mergelgrube liegt für die Geburtshelferkröte (Glögglifrosch) ein wichtiges Reservat. Im Gebiet Ried/Surb wurden im Zusammenhang mit dem Hochwasserdamm vier Naturweiher angelegt. An der Surb findet man Biberspuren. Viele Fledermausquartiere.